Nel 1999 si prospettò la possibilità di poter accedere ai fondi del giubileo del 2000 per il restauro di una parte dell’ex convento tra cui i locali originariamente destinati a sacrestia e sala del capitolo con lo scopo di destinarli ad uso museale.

Nell’ottobre del 2011 fu inaugurato il museo con l’allestimento della prima sala.

Il nucleo principale del museo è costituito dalle tavole realizzate da Giorgio Vasari e dalla sua bottega per arricchire il maestoso altare maggiore della chiesa detto “Macchina Vasariana” progettato da Giorgio Vasari stesso e smantellato nel 1712.